微生物肥料是指含有特定微生物的活体制品，应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长，提高产量，改善农产品品质及农业生态环境。微生物肥料包含农用微生物菌剂、复合微生物肥料和生物有机肥三种。

微生物肥料的核心是所含的特定微生物的种类和数量，即有效活菌和数量，简单来说所添加的菌种具有的功能，肥料就表现出对应的效果。对于微生物肥料效果的评价，通常从产量、品质、抗逆性、土壤改良和安全指标五方面进行评价。

微生物肥料的作用

1.   增加作物产量 一些微生物具有固氮解磷解钾的功能，通过微生物自身的生长繁殖，固氮转化空气中的N，增加土壤氮元素含量，溶解释放土壤中被固定的磷钾营养元素，增加植物营养供应量，供植物吸收利用，培肥地力，增加产量。

2.   改善作物品质 微生物肥料不仅可以从外形、色泽、口感、香气等外观指标改善作用品质，还可以提高粮食作用的淀粉及蛋白质含量，降低叶菜类的硝酸盐含量、提高维生素含量，提高瓜果类的糖分、氨基酸、微生物指标等。

3.   增强植物抗逆性 有的微生物可产生对有害微生物有抗菌作用的代谢产物，抑制或杀灭病原菌，有益微生物在植物根系定植后，大量生长繁殖，在根系周围形成优势菌群，通过空间竞争和营养资源抢夺作用，抑制有害微生物的生长繁殖，间接增强植物抗逆性。微生物能诱导作物产生超氧化物歧化酶，在植物受到病害、虫害、干旱、衰老等逆境时，消除因逆境产生的自由基来提高作物的抗逆性。

4.   改良土壤结构 微生物分泌大量的胞外多糖类物质，能与植物根系分泌物、土壤胶体等共同作用，促进土壤团粒结构形成，参与土壤的腐殖化过程，改善土壤理化性质，增强土壤保水保肥能力。

5.   修复土壤，保障农产品安全 微生物在生长繁殖过程中可降解有机类农药，降低农药残留，此外，通过自身的生物反应，降低土壤中有害重金属的毒害；同时肥料中的微生物菌可以将重金属固定，促使土壤中活性重金属变为有机结合态，形成过滤层和隔离层，降低作物对土壤中重金属的吸收，从而避免了土壤中重金属等有害物质进入食物链，损害身体健康。

6.   促进植物生长 微生物生命活动过程中产生的植物生长调节物质（生长素、细胞分裂素、泛酸、赤霉素、维生素等）、游离氨基酸、有机酸可很大程度上刺激植物的生长，加快植物生长速度，促进早熟。